Penentuan Struktur Tiga Dimensi Alergen Beta-arvalbumin (Thu a 1) pada Ikan Tuna Sirip Kuning (Thunnus albacares) secara In silico

Indria Mahgfirah

Abstract


Ikan merupakan satu dari sembilan bahan pangan penyebab utama alergi. Alergi pangan ialah suatu reaksi hipersensitifitas melalui mekanisme imunologis setelah terpapar alergen dari suatu bahan pangan. Beta-parvalbumin dengan kode alergen (Thu a 1) merupakan salah satu alergen yang terdapat pada ikan tuna sirip kuning (Thunnus albacares) sehingga dapat memicu terjadinya alergi. Tujuan dari penelitian ini adalah  untuk mendapatan struktur tiha dimensi protein alergen beta-parvalbumin (Thu a 1) secara in silico. Metode pada penelitian ini meliputi beberapa tahap yaitu tahap pertama pencarian identitas dan karakteristik fisikokimia beta-parvalbumin berupa family, berat molekul, nilai pI teoritis, nilai grand average of hidropathicity (GRAVY) dan indeks kestabilan. Tahap yang kedua ialah penentuan struktur tiga dimensi dengan menggunakan server SWISS-MODEL. Hasil penelitian ini menjelaskan bahwa struktur tiga dimensi beta-parvalbumin (Thu a 1) memiliki identitas sekuens 83,49% dan nilai ramachandran favoured ialah 97,20% dengan indeks kestabilan 25,65 yang menunjukkan bahwa urutan asam amino pada beta-parvalbumin (Thu a 1) ialah protein yang stabil.

Full Text:

PDF

References


Alam, N., Budiarsa, I. M., & Tureni, D. (2020). Prediksi Struktur Tiga Dimensi Protein β-NGF (Nerve Growth Factor) Burung Merpati (Columba livia). Jurnal Ilmiah Sains, 20(2), 106. https://doi.org/10.35799/jis.20.2.2020.28857

Almatsier, S. (2003). Prinsip Dasar Ilmu Gizi. Jakarta: Penerbit Gramedia Pustaka Utama

Aprianty. (2019). Analisis Pengelolaan Perikanan Tuna Madidihang (Thunnus Albacares) Di Perairan Utara Aceh. [Tesis]. Program Studi Magister Agribisnis Universitas Syiah Kuala. Banda Aceh.

Baker, D., & Sali, A. (2001). Protein structure prediction and structural genomics. Science, 294(5540), 93–96. https://doi.org/10.1126/science.1065659

Dahuri, R. (2002). Membangun kembali perekonomian indonesia melalui sektor perikanan dan kelautan. Jakarta: LISPI.

Firdaus, M. (2019). Profil Perikanan Tuna Dan Cakalang Di Indonesia. Buletin Ilmiah Marina Sosial Ekonomi Kelautan Dan Perikanan, 4(1), 23. https://doi.org/10.15578/marina.v4i1.7328

Gasteiger, E., Hoogland, C., Gattiker, A., Duvaud, S., Wilkins, M. R., Appel, R. D., & Bairoch, A. (2005). Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server. The Proteomics Protocols Handbook, 571–607. https://doi.org/10.1385/1-59259-890-0:571

Ho, B. K., & Brasseur, R. (2005). The Ramachandran plots of glycine and pre-proline. BMC Structural Biology, 5, 1–11. https://doi.org/10.1186/1472-6807-5-14

KKP. Statistik Perikanan Tangkap Laut. (2019). Jakarta: Kementerian Kelautan Dan Perikanan.

KKP. Statistik Perikanan Tangkap Laut. (2020). Jakarta: Kementerian Kelautan Dan Perikanan.

Kobayashi, Y., Yang, T., Yu, C. T., Ume, C., Kubota, H., Shimakura, K., Shiomi, K., & Hamada-Sato, N. (2016). Quantification of major allergen parvalbumin in 22 species of fish by SDS-PAGE. Food Chemistry, 194, 345–353. https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2015.08.037

Komari, N., Hadi, S., & Suhartono, E. (2020). Pemodelan Protein dengan Homology Modeling menggunakan SWISS-MODEL. Jurnal Jejaring Matematika Dan Sains, 2(2), 65–70. https://doi.org/10.36873/jjms.2020.v2.i2.408

Mokolensang, J. F., Manu, L., Gunawan, W. Ben, Simatupang, M. F., Yudisthira, D., Farradisya, S., Al Mahira, M. F. N., Samtiya, M., Tsopmo, A., & Nurkolis, F. (2023). Incorporation of macroalgae to fish feed lowers allergenic properties in fish: An opinion study. Journal of Agriculture and Food Research, 14(May), 100777. https://doi.org/10.1016/j.jafr.2023.100777

Mukherjee, S., Horka, P., Zdenkova, K., & Cermakova, E. (2023). Parvalbumin: A Major Fish Allergen and a Forensically Relevant Marker. Genes, 14(1). https://doi.org/10.3390/genes14010223

Rekik, I., Chaabene, Z., Grubb, C. D., Drira, N., Cheour, F., & Elleuch, A. (2015). In silico characterization and Molecular modeling of double-strand break repair protein MRE11 from Phoenix dactylifera v deglet nour. Theoretical Biology and Medical Modelling, 12(1), 1–14. https://doi.org/10.1186/s12976-015-0013-2

Ruethers, T., Taki, A. C., Johnston, E. B., Nugraha, R., Le, T. T. K., Kalic, T., McLean, T. R., Kamath, S. D., & Lopata, A. L. (2018). Seafood allergy: A comprehensive review of fish and shellfish allergens. Molecular Immunology, 100(April), 28–57. https://doi.org/10.1016/j.molimm.2018.04.008

Ruslin, R., Putri, S. R., & Arba, M. (2019). Pemodelan Homologi Protein Receptor Orphan Receptor-1 (ROR-1) Sebagai Target Terapi Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL. Pharmauho:Jurnal Farmasi, Sains, Dan Kesehatan, 5(1), 1–6. https://doi.org/10.33772/pharmauho.v5i1.8992

Saudale, F. Z. (2020). Pemodelan Homologi Komparatif Struktur 3d Protein dalam Desain dan Pengembangan Obat. Al-Kimia, 8(1), 93–103. https://doi.org/10.24252/al-kimia.v8i1.9463

Sawitri, K. N., Sumaryada, T., & Ambarsari, L. (2014). Analisa Pasangan Jembatan Garam Residu Glu15-Lys4 Pada Kestabilan Termal Protein 1Gb1. Jurnal Biofisika, 10(1), 68–74.

Stephen, J.N., Sharp, M.F., Ruethers, T., Taki, A., Campbell, D.E., Lopata, A.L. (2017). Allergenicity of bony and cartilaginous fish-molecular and immunological properties. Clin Exp Allergy 47:300-312. https://doi.org/10.1111/cea.12892

Tsai, C.L., Perng, K., Hou, Y.C., Shen, C.J., Chen, I.N., Chen, Y.T. (2023). Effect of species, muscle location fish allergens. Crit Rev. Food Sci Nutr 57:2077-2094. Doi: https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2022.134479

Tümerkan Aksun, E. T. (2022). Detection of Parvalbumin Fish Allergen in Canned Tuna by Real-Time PCR Driven by Tuna Species and Can-Filling Medium. Molecules, 27(17). https://doi.org/10.3390/molecules27175674

Waterhouse, A., Bertoni, M., Bienert, S., Studer, G., Tauriello, G., Gumienny, R., Heer, F. T., De Beer, T. A. P., Rempfer, C., Bordoli, L., Lepore, R., & Schwede, T. (2018). SWISS-MODEL: Homology modelling of protein structures and complexes. Nucleic Acids Research, 46(W1), W296–W303. https://doi.org/10.1093/nar/gky427

Wijaya, H., & Hasanah, F. (2016). Prediksi Struktur Tiga Dimensi Protein Alergen Pangan Dengan Metode Homologi Menggunakan Program Swiss-Model. Biopropal Industri, 7(2), 83–94. http://www.pdb.org/

[WHO/IUIS] World Health Organization/International Union of Immunological Societes (IUIS) Allergen Nomenclature Home Page. (2023). Animalia Chordata. http://www.allergen.org/search.php?allergenname=&allergensource=&TaxSource=Animalia+Chordata&TaxOrder=Scombriformes&foodallerg=all&bioname= [06 Oktober 2023]




DOI: https://doi.org/10.30601/tilapia.v5i2.5250

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2024 Indria Mahgfirah

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Lisensi Creative Commons
Jurnal Tilapia oleh LPPM Universitas Abulyatama disebarluaskan di bawah Lisensi Creative Commons Atribusi 4.0 Internasional.
Berdasarkan ciptaan pada http://jurnal.abulyatama.ac.id/index.php/tilapia/index.